甲状腺本身的病变引起的甲减称为原发性甲减，下丘脑-垂体无病变。这种甲减可以由很多原因引起，主要的原固有： 甲状腺不发育或发育不全；甲状腺激素合成酶缺陷；长期缺碘；甲状腺手术；放射性131碘治疗；平状腺炎；抑制甲状腺激素生成的药物；原因不明(又称为特发性甲减)。
